El Museo de la Tolerancia se ubica en el centro moderno de Jerusalén, un lugar rejuvenecido en el limite entre el espacioso Independence Park y el entorno urbano construido. Esta ubicación es el encuentro entre tres calles principales con distinto carácter y función: Hillel con carácter comercial, Moshe Ben Israel que cruza el parque, y Moshe Salomon con un aire turístico y peatonal. Se buscó la integración del museo con el paisaje sin crear sombras sobre lugares urbanos preexistentes. Una estructura irónica que refleje transparencia y apertura generando un interés visual.
El museo actua como un puente entre distintos estíos arquitectónicos presentes en el lugar, mientras que estéticamente usa un lenguaje contemporáneo explorando las tecnologías avanzadas y materialidades. El equipo buscaba que el edificio acogiera al parque y al contexto urbano, permitiendo llevar a cabo una gran cantidad de distintas actividades como espacios de exhibición, centro educacional, teatros, oficinas y restaurantes. Cada actividad servirán según las condiciones y requerimientos ambientales como también con la interacción con el entorno urbano.
Se diseñó una estructura alongada la cual traza el borde sur-este del sitio. La estructura rodea las tres calles en un nuevo espacio publico coherente y rejuvenecido para el centro de Jerusalén. El diseño de la cuadra publica incorpora una jardín arqueológico, el cual muestra los restos de un acueducto romano, también incluye un anfiteatro y varias áreas publicas y turísticas.
El edificio se divide en dos alas horizontales: la superior consta de tres pisos que flotan y contiene el teatro y un espacio de encuentro social, y la otra ala compuesta por dos pisos en un nivel inferior y hundido que contiene los museos para niños y adultos. El acceso se ubica en un nivel publico la cual lleva hacia el ala superior o también hacia la inferior. Un lobby de cuatro pisos conecta ambas partes.
